Spróbuj jeszcze w zakładce Integrated Pheripherals->On-Chip ATA Devices->RAID mode ustawić na RAID.
Wspomagam się opisem ściągniętym ze strony MSI i tam w polu RAID są dostępne dwie opcje IDE i RAID stąd moja propozycja. Jakie opcje masz dowyboru przy dyskach w tej zakładce? Chodzi mi o Integrated Pheripherals->On-Chip ATA Devices->SATA1(2,3,4)? Może tu trzeba coś zmienić. To e-sata to zdaje się jest kontroler od dysków które możesz podpiąć z tyłu kompa. Sprawdź jeszcze w Standard CMOS Features->Sata(numer dysku) jak jest ustawione DMA Mode - powinno być na auto, ewentualnie możesz to zmienić na najwyższą dostępną wartość.
PS. Obejrzałem te fotki z HD tune (lepiej późno niż wcale) wygląda że dysk pracuje w trybie SATA 2, ale fakt że jest wolny powyrzucaj śmieci z dysku. zrób defraga, sprawdź jakie masz uruchomione procesy niepokojące są te piki w dół może w tym czasie coś obciąża system? Sprawdź po numerze seryjnym czy nie jest to jakaś feralna seria...
Mój twardziel mimo że chodzi tylko jaka SATA 1(płyta

) ma lepsze wyniki.